Theo Quy định về cơ cấu chức năng, tổ chức bên trong và biên chế của Bộ Nông nghiệp và Nông thôn, bộ đảm nhận các chức năng sau:[5]

1. Phối hợp nghiên cứu và tổ chức thực hiện các chiến lược phát triển, kế hoạch trung hạn và dài hạn, các chính sách lớn đối với công tác Tam Nông. Tổ chức soạn thảo các luật và quy định liên quan đến nông nghiệp và nông thôn, xây dựng các quy định của cơ quan ban ngành và hướng dẫn toàn diện việc thi hành Luật Nông nghiệp. Tham gia vào việc xây dựng các chính sách tài chính và thuế liên quan đến nông nghiệp, giá cả, thu mua và bảo quản, bảo hiểm tài chính, xuất nhập khẩu.
2. Phối hợp và thúc đẩy sự phát triển của các chủ trương xã hội nông thôn, dịch vụ công nông thôn và nông nghiệp. Văn hóa làng xã, cơ sở hạ tầng nông thôn và quản trị nông thôn. Lãnh đạo tổ chức cải thiện môi trường sống nông thôn. Hướng dẫn xây dựng văn minh tinh thần nông thôn và văn hóa nông dân ưu tú. Hướng dẫn sản xuất an toàn ngành nông nghiệp.
3. Xây dựng chính sách để cải cách sâu rộng hệ thống kinh tế nông thôn và củng cố, hoàn thiện hệ thống quản lý nông thôn cơ bản. Chịu trách nhiệm cải cách và quản lý ruộng đất và nhà ở nông thôn nhận khoán của nông dân. Chịu trách nhiệm cải cách hệ thống quyền sở hữu tập thể nông thôn, hướng dẫn phát triển các tổ chức kinh tế tập thể nông thôn và quản lý tài sản tập thể. Hướng dẫn việc xây dựng và phát triển các tổ chức kinh tế hợp tác của nông dân, hệ thống dịch vụ xã hội hóa nông nghiệp, các chủ thể kinh doanh nông nghiệp kiểu mới.
4. Hướng dẫn phát triển các ngành công nghiệp đặc trưng nông thôn, công nghiệp chế biến nông sản, nông nghiệp và doanh nghiệp thành phố cấp huyện. Đưa ra các đề xuất thúc đẩy lưu thông nông sản số lượng lớn, nuôi trồng và bảo vệ thương hiệu nông sản. Công bố thông tin kinh tế nông nghiệp và nông thôn, theo dõi và phân tích hoạt động kinh tế nông nghiệp và nông thôn. Đảm nhận các công việc liên quan đến thống kê nông nghiệp và thông tin hóa nông nghiệp và nông thôn.
5. Chịu trách nhiệm giám sát và quản lý các ngành nông nghiệp khác nhau như trồng trọt, chăn nuôi, ngư nghiệp, cải tạo trang trại và cơ giới hóa nông nghiệp. Hướng dẫn sản xuất ngũ cốc và các sản phẩm nông nghiệp khác. Tổ chức xây dựng hệ thống công nông nghiệp, hệ thống sản xuất, hệ thống quản lý, hướng dẫn sản xuất nông nghiệp đạt chuẩn. Chịu trách nhiệm đàm phán và thực hiện hợp đồng nghề cá song phương và đa phương. Tiêu cực trong quản lý nghề cá đại dương và quản lý nghề cá và giám sát, quản lý cảng cá.
6. Chịu trách nhiệm giám sát, quản lý chất lượng, an toàn sản phẩm nông nghiệp và tổ chức thực hiện giám sát chất lượng và an toàn nông sản, truy xuất nguồn gốc và đánh giá rủi ro. Đề xuất các biện pháp kỹ thuật thương mại. Tham gia xây dựng tiêu chuẩn quốc gia về chất lượng, an toàn sản phẩm nông nghiệp và tổ chức thực hiện cùng với các ban ngành liên quan. Hướng dẫn xây dựng hệ thống thanh tra, kiểm nghiệm nông sản.
7. Tổ chức phân chia tài nguyên nông nghiệp. Hướng dẫn việc bảo vệ, quản lý đất nông nghiệp, trấn thủy sản, nguồn lợi các loài sinh vật nông nghiệp và chịu trách nhiệm bảo vệ động, thực vật thủy sinh, đất canh tác và bảo vệ chất lượng đất trồng trọt cơ bản vĩnh viễn. Hướng dẫn quản lý môi trường các vùng sản xuất nông nghiệp và sản xuất nông nghiệp sạch, hướng dẫn phát triển nông nghiệp cơ sở, nông nghiệp tái chế sinh thái, nông nghiệp tiết kiệm chi phí, phát triển toàn diện và sử dụng năng lượng tái tạo nông thôn, phát triển công nghiệp sinh khối nông nghiệp. Đi đầu trong việc quản lý các loài ngoại lai.
8. Chịu trách nhiệm giám sát, quản lý vật tư sản xuất nông nghiệp và các vật tư đầu vào của nông nghiệp. Tổ chức xây dựng hệ thống thị trường tư liệu sản xuất nông nghiệp, xây dựng tiêu chuẩn quốc gia về vật tư sản xuất nông nghiệp có liên quan và giám sát việc thực hiện. Xây dựng tiêu chuẩn quốc gia về chất lượng thuốc thú y, giới hạn dư lượng thuốc thú y, phương pháp kiểm nghiệm dư lượng và công bố theo quy định. Tổ chức công tác quản lý thú y, quản lý thuốc thú y, kiểm tra thuốc và chịu trách nhiệm quản lý cán bộ thú y và các trường hợp giết mổ gia súc, gia cầm.
9. Chịu trách nhiệm phòng chống và giảm nhẹ thiên tai trong nông nghiệp và phòng chống các loại dịch bệnh chính và côn trùng gây hại. Hướng dẫn xây dựng hệ thống kiểm dịch động vật, thực vật, tổ chức và giám sát công tác kiểm dịch động vật, thực vật trong nước, công bố tình hình dịch bệnh và tổ chức phòng chống.
10. Chịu trách nhiệm quản lý đầu tư nông nghiệp. Đưa ra các đề xuất cải cách hệ thống đầu tư và tài chính nông nghiệp. Lập phương án xây dựng dự án đầu tư nông nghiệp do Trung ương bố trí, đề xuất quy mô, hướng đầu tư nông nghiệp, hỗ trợ các dự án tài chính nông nghiệp và phát triển nông thôn, phê duyệt các dự án đầu tư nông nghiệp theo thẩm quyền do Quốc vụ viện quy định và chịu trách nhiệm bố trí, giám sát, quản lý dự án đầu tư nông nghiệp.
11. Đẩy mạnh cải cách hệ thống khoa học công nghệ nông nghiệp và xây dựng hệ thống đổi mới khoa học công nghệ nông nghiệp. Hướng dẫn xây dựng hệ thống công nghệ ngành nông nghiệp và hệ thống khuyến nông, tổ chức phát triển nghiên cứu công nghệ cao, công nghệ ứng dụng trong lĩnh vực nông nghiệp, chuyển đổi thành tựu khoa học và công nghệ, khuyến công. Chịu trách nhiệm giám sát và quản lý an toàn đối với sinh vật biến đổi gen trong nông nghiệp và bảo vệ giống cây nông nghiệp mới.
12. Hướng dẫn công tác nhân tài nông nghiệp, nông thôn. Báo cáo và tổ chức thực hiện kế hoạch xây dựng đội ngũ nhân tài nông nghiệp, nông thôn, hướng dẫn giáo dục nông nghiệp và phát triển kỹ năng nghề nông nghiệp, hướng dẫn trồng trọt nông dân chuyên nghiệp kiểu mới, trồng nhân tài khoa học kỹ thuật nông nghiệp và đào tạo nhân tài nông thôn.
13. Đi đầu trong việc phát triển hợp tác nông nghiệp với nước ngoài. Thực hiện các hoạt động đối ngoại nông nghiệp liên Chính phủ, tổ chức xúc tiến thương mại nông nghiệp và các hoạt động giao lưu, hợp tác quốc tế có liên quan, tham gia xây dựng và đàm phán các chính sách viện trợ nước ngoài và các quy tắc thương mại nông nghiệp, thực hiện các dự án gia công nông nghiệp cụ thể và tổ chức thực hiện các công ước và thỏa thuận quốc tế có liên quan.
14. Hoàn thành các nhiệm vụ khác do Trung ương Đảng, Quốc vụ viện và Tiểu tổ Lãnh đạo Công tác Nông thôn Trung ương giao.